Rus Savaşı, Balkan Savaşı gibi pek çok önemli olaya tanıklık eden saray, Osmanlı-Rus Savaşı'nda önemli oranda tahrip edildi.
Savaş sırasında cephanelik olarak kullanılan saray, Edirne'nin istila edileceği ve cephanenin Rusların eline geçebileceği düşüncesiyle dönemin Edirne Valisi Cemil Paşa'nın emriyle havaya uçuruldu.
Saraydan bugüne, mutfağı, Babüssaade, Cihannüma Kasrı, Kum Kasrı Hamamı, Fatih Köprüsü, Adalet Kasrı, Kanuni Köprüsü, Su Maksemi, Şehabeddin Paşa Köprüsü, Namazgahlı Çeşmesi, Av Köşkü gibi yapıları ulaşabildi.
Osmanlı dönemi kanalizasyon sistemi, saray mutfağına ait araç gereçlerin yanı sıra Hürrem Sultan'ın kullandığı parfüm şişelerinin de bulunduğu Edirne Sarayı kazı alanının, ören yerine dönüştürülerek koruma altına alınması çalışmaları da sürüyor.