15 Temmuz 2018 tarihli ve 6 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi, Cumhurbaşkanlığına bağlı Millî Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliği'nin teşkilat yapısını, görev ve yetkilerini, çalışma usul ve esaslarını düzenlemektedir. Kararname ile Genel Sekreterlik, devletin millî güvenliğini ilgilendiren konuların takibi, Millî Güvenlik Kurulu toplantılarının organizasyonu ve kararların uygulanması sürecinde koordinasyon görevini üstlenen merkezi bir yapı olarak tanımlanmıştır. Kurulun gündemi Cumhurbaşkanı tarafından belirlenir; Genel Sekreterlik, bu gündemi hazırlar, toplantıları organize eder, tutanak ve kararları arşivler, Kurul kararlarının uygulanmasını takip eder. Ayrıca Genel Sekreterlik, Millî Güvenlik Siyaset Belgesi’nin hazırlanması, stratejik araştırmaların yürütülmesi, uluslararası ilişkiler, seferberlik ve savaş planlaması, insan kaynakları, bilgi sistemleri ve mali yönetim gibi alanlarda çeşitli daire başkanlıkları aracılığıyla faaliyet gösterir. Teşkilat yapısı içinde Kurul İşleri, Stratejik Araştırmalar, Seferberlik Planlama, Personel, Strateji Geliştirme, Bilgi İşlem gibi dairelerin yanı sıra Hukuk Müşavirliği ve Basın-Halkla İlişkiler birimleri de yer alır. Bu düzenleme, millî güvenlik politikalarının sivil-asker uyumlu bir biçimde hazırlanması ve yürütülmesi sürecinde Genel Sekreterliğin aktif ve merkezi rolünü vurgulamaktadır.