Fırat Havzası Araştırma ve Uygulama Merkezinin amacı: Fırat Havzası ile ilgili ortaya çıkabilecek sorunları bilimsel olarak belirlemek, ge­rekli araştırmaları yaparak bunlar için çözüm yöntemleri geliştirmek ve uygulamak, Bölgesel sorunları ile ilgili olarak alan araştırması yapmak; sorunların sosyal, endüst­riyel, sağlık, ekonomik, tarımsal, kültürel, çevresel ve eğitime yönelik yönlerini ortaya koy­mak ve bu sorunların çözümünde uygun yöntemleri irdelemek, Kamu ve özel kesimde görev alan elemanların Fırat Havzası konusunda eğitimini sağlamak, Bölge sorunlarının tanıtılması ve ekolojik dengesinin korunması amacına yönelik olarak seminer, konferans, sempozyum ve bilimsel toplantılar düzenlemek; öğretim üyeleri ile üniversite öğrencilerine yönelik teknik inceleme ve gözlem gezileri düzenlemek, Fırat Havzası sorunlarıyla ilgili olarak üniversite öğretim üyeleri ve lisansüstü öğrenim gören öğrencilerin araştırma projelerini desteklemek, Fırat Havzası Merkezinin amacına uygun konularda diğer üniversitelerin ilgili mer­kezleri ile işbirliği Yapmak ve Başbakanlık GAP Bölge Kalkınma İdaresi Başkanlığı’nca düzenlenen "Koordinasyon Kurulu" toplantılarına katılmak ve rapor hazırlamak, Fırat Havzası sorunları ile ilgili kaynak kitap ve doküman temin etmek, üniversite kütüphanesinde okuyucuların hizmetine sunmak, veri bankası oluşturmak, yayın ve yayım faaliyetlerinde bulunmaktır.