Merkezin amacı, Üniversite içinde, Balıkesir’de veya hizmetin gerektirdiği diğer yerlerde bilime, teknolojiye dayalı, ülke kalkınmasına yönelik, çevre ile ilgili faaliyetlerde bulunmaktır. Bu amaçlardan başlıcaları şunlardır: 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu’nun 12 nci maddesi ile Yükseköğretim kurumlarına verilen görevleri, çevre sorunları bakımından yerine getirmek, çevre kirlenmesine ve bozulmasına yol açan sorunları araştırmak, çözümler bulmak, Üniversite içerisinde, çevre ile ilgili temel ve uygulamalı araştırmalar düzenlemek, teşvik etmek, bu amaçla yurtiçi ve yurtdışı benzer kuruluşlarla işbirliği yapmak, sempozyum, kongre, konferans, seminer, yaz okulları ve kurslar düzenlemek, bilimsel yayınlar yapmak, toplumda çevre bilincini geliştirici etkinliklerde bulunmak, Çevre sorunları ile ilgili bilimsel araştırma sorunlarının ülke ve insanlık yararına kullanılmak üzere teknolojiye aktarılması için çalışmalar yaptırmak ve bu amaca yönelik danışmanlık hizmetleri vermek, Ulusal ve uluslararası diğer araştırma merkezleri ile bilimsel ve teknik bilgi alışverişini sağlamak, kitaplık ve dokümantasyon merkezi kurmak, Araştırma laboratuarları kurarak çevre ile ilgili gerekli analizleri yapmak, Balıkesir ve çevresindeki ekolojik, tabii ve tarihi çevrenin korunması ve sınai çevrenin düzenlenmesi ile ilgili olarak her düzeydeki çevre eğitiminin niteliğini geliştirici çalışmalarda bulunmak, sürdürülen eğitim ve öğretimi desteklemek ve bu amaçla yurt içinde ve dışındaki diğer Üniversite, Kurum ve Kuruluşlarla işbirliği yaparak koordinasyonu sağlamak.